Merkstructuren kunnen ook gebruikt worden om afdelingen, productgroepen of andere interne segmenten binnen een organisatie te onderscheiden. Deze structuren zijn vaak nauw verbonden met de merkidentiteit en bieden bedrijven verschillende mogelijkheden om hun merken effectief te organiseren. Veel ondernemingen hanteren een complexe bedrijfsstructuur met diverse afdelingen, productgroepen of submerken. Om overzicht te creëren, worden merkstructuren ingezet. Dit helpt niet alleen de organisatie zelf, maar ook de doelgroep, om op een duidelijke visuele of tekstuele manier onderscheid te maken tussen de verschillende interne groepen binnen de onderneming.

Een monolithische merkstructuur verwijst naar een organisatie die één enkel merk gebruikt voor al haar producten en diensten. Dit houdt in dat het bedrijf en de verschillende producten onder dezelfde naam en identiteit opereren.

Bijvoorbeeld, HEMA is een typisch voorbeeld van een monolithische merkstructuur, waar alle producten, van sokken tot broodjes kaas, onder dezelfde merknaam vallen.

Een semi-monolithische merkstructuur verwijst naar een organisatie die een hoofdmerk heeft, waaraan meerdere submerken verbonden zijn. Deze submerken behouden echter een zekere mate van onafhankelijkheid en differentiatie, terwijl ze toch onder de overkoepelende merkidentiteit vallen.

Bijvoorbeeld: is Albert Heijn, waar het hoofdmerk Albert Heijn verbonden is met submerken zoals Albert Heijn Basic, Albert Heijn Excellent en Albert Heijn Terra. Elk van deze submerken heeft een eigen positionering, maar blijft onderdeel van het grotere Albert Heijn merk.

Een single branded merkstructuur verwijst naar een organisatie waarbij verschillende merken onder één moederbedrijf vallen, maar elk merk op zichzelf wordt gepresenteerd in de markt met een eigen naam en identiteit. In deze structuur is het moederbedrijf vaak onzichtbaar voor de eindconsument.

Bijvoorbeeld: AB InBev, het moederbedrijf achter populaire biermerken zoals Leffe, Dommelsch, Hertog Jan en Jupiler. Hoewel de naam AB InBev misschien niet bekend is, wordt elk van deze biermerken zelfstandig gepositioneerd en gepromoot.

Een endorsed merkstructuur verwijst naar een organisatie waarbij een hoofdmerk (het “endorser” merk) de submerken ondersteunt, waardoor de submerken een eigen identiteit en naam kunnen behouden. Het endorse-merk geeft geloofwaardigheid en vertrouwen aan de submerken, zonder dat deze volledig afhankelijk zijn van de naam of uitstraling van het hoofdmerk.

Een voorbeeld hiervan: Unilever waarbij alle onderliggende merken zoals bijvoorbeeld Unox, Knorr, Zwitsal, Calvé en Dove ondersteuning krijgen van het moedermerk Unilever.

Een multi branded merkstructuur verwijst naar een organisatie waarbij twee of meer al gevestigde merken samenwerken. Omdat deze twee al bekenden merken al een reputatie hebben krijgen ze een voorsprong. Samen lanceren ze een nieuw, innovatief merk of product. Doordat ze de kracht van de bekende merknamen te combineren, krijgt het nieuwe product vanaf het begin een versterkte positionering en vertrouwen van consumenten.

Bijvoorbeeld: Senseo, dat op de markt is gebracht door een samenwerking tussen Philips en Douwe Egberts. Beide merken genieten veel vertrouwen onder Nederlandse consumenten, wat het nieuwe product meteen een sterke reputatie geeft.